Pada tahun 2009, Harper telah didiagnosis dengan kanser paru-paru. [4] Beliau mengumumkan pada 6 Mac 2013, bahawa ujian dari penahanan di hospital pada bulan Januari mendedahkan beliau menghidap karsinomatosis leptomeningeal, keadaan yang jarang berlaku di mana sel-sel kanser merebak ke dalam meninges, membran yang mengelilingi otak. Beliau menjelaskan doktornya telah memberinya tempoh sekurang-kurangnya tiga bulan untuk hidup. [5] Walaupun penyakit itu dianggap tidak boleh diubati, doktornya berkata mereka merawatnya dengan kemoterapi untuk cuba memperlahankan perkembangannya. [6]

Pada April 2014, Harper berkata beliau bertindak balas dengan baik terhadap rawatan itu. [7] Pada 30 Julai 2015, beliau dimasukkan ke hospital di Maine selepas pengsan, dan dibawa melalui medevac ke hospital yang lebih besar untuk rawatan lanjut. [8] [9] [10] Beliau kemudiannya dibenarkan keluar. [11]

Pada 2016, kanser Harper berterusan, dengan rawatan di Pusat Perubatan Cedars-Sinai, tetapi beliau cukup sihat untuk muncul dalam filem pendek, My Mom and the Girl, berdasarkan pengalaman pengarah/penulis Susie Singer Carter, yang ibunya menghidap Alzheimer . [12]

Menjelang Julai 2019, beliau menjalani rejimen "pelbagai ubat dan ubat kemoterapi" dan mengalami "cabaran fizikal yang melampau dan menyakitkan" yang memerlukan "penjagaan sepanjang masa, 24/7." [13] Harper meninggal dunia pada pagi 30 Ogos 2019, di Los Angeles. [14] [15]